닌자 히오카는 과거 자신의 마을을 지키는 수호자로 활동했으나, 거짓 누명을 쓴 채 사지가 절단당한 채 추방당한다. 그 후 그림자 닌자군에 가담해 구원을 얻기 위해 노력하며, 붙잡힌 일당의 일원들을 하나씩 제압하며 점점 강력한 힘을 축적한다. 이 힘을 바탕으로 모모닌과 맞서 뛰어난 기술로 압도하지만, 모모닌은 히오카의 일순간 허점을 파고들어 질에서 분비물을 방출해 히오카의 한쪽 눈을 영구적으로 실명시킨다. 이 위기를 극복하기 위해 필사적인 히오카는 또 한 번의 제거 임무를 받는다. 다시 전투에 끌려든 모모닌은 포로로 잡혀 그림자 닌자군의 은신처로 끌려가며 지도자의 행방을 밝히기 위해 고문을 당한다. 그녀는 비밀 기술 '붙잡힌 닌포: 복숭아 환상'을 사용해 감시병을 제압하고 탈출을 시도하지만, 다시금 붙잡히고 만다. 히오카와 지도자의 억압적인 지배 아래에서 그녀의 운명은 불투명한 채로 남는다. 이후의 이야기는 관객에게 맡겨진다! [나쁜 엔딩]