나오 하즈키는 과거 수사관으로서 악을 물리쳐 온 밀크레더블의 주인공이다. 어느 날, 범죄자를 추격하던 중 그녀는 기묘한 총을 든 적과 맞닥뜨린다. 무기의 공격으로 부상을 입지만, 나오는 결국 범인을 제압한다. 그 총은 과거 나오가 살해한 악의 과학자 보조 시조가 만든 장치임이 밝혀진다. 보조의 여동생 아쿠라는 형의 기억을 이식해 안드로이드 복제체를 만들어내고, 복수를 위해 밀크레더블을 노린다. 안드로이드 보조와의 전투에서 패배한 나오는 극심한 수치와 고통을 견뎌내야 한다.