사일러 프론티어의 주인공 아이나 사야카는 인기 있는 여고생으로 평범한 삶을 살고 있다. 그러나 그녀는 레무리아 고대 문명으로부터 물려받은 신비한 힘 '마스터 포스'를 지니고 있어 악의 마계군단과 싸우기 위해 미소녀 전사 사일러 프론티어로 변신한다. 어느 날, 그녀는 악마에게 공격당하는 무고한 시민을 구하게 되고, 그를 도운 뒤 감사의 뜻으로 그의 집을 방문한다. 그러나 그는 그녀에게 강한 성적 집착을 품은 광신도 팬이었으며, 자신이 제조한 불법 약물을 이용해 그녀를 납치하고 조교하려는 음모를 꾸민다. 친절한 환대로 맞이한 그는 그녀가 마신 음료에 약물을 탄다. 무방비 상태가 된 그녀는 점차 의식을 잃고 그의 손아귀에서 놀이감이 되어간다. 이 사건은 그녀의 삶을 비극적으로 바꿔놓으며, 참담한 배드 엔딩으로 이어진다.