은하계 끝자락에 있던 아고닉 성이 파괴된 후, 슈퍼 레이디는 그곳의 마지막 생존자로 지구의 평화를 지키기 위해 악의 드 레그자스 박사가 만든 로봇들과 계속 싸워왔다. 드 레그자스는 늘 슈퍼 레이디에게 패배를 맛보며 깊은 증오를 품고 있었다. 그러던 중 국방군의 조카 대령이 그의 앞에 나타나, 슈퍼 레이디에게 빼앗긴 국민들의 지지를 되찾기 위해 휴전을 제안한다. 협상의 대가로 조카 대령은 슈퍼 레이디의 최대 약점인 아고닉 광석을 레그자스에게 제공한다. 밤, 한 공장 내부에서 레그자스는 광폭화한 로봇 아곤 유닛 1호를 방출한다. 이번에는 슈퍼 레이디가 완전히 다른 방식으로 압도당한다. 아곤 유닛 1호는 아고닉 광석을 에너지원으로 작동해 그녀의 치명적인 약점을 오히려 힘의 원천으로 삼는다. 절체절명의 위기 속에서 슈퍼 레이디는 승리를 거둘 수 있을까, 아니면 혹독한 패배를 겪게 될까? 이야기는 충격적인 결말로 막을 내린다.