NEO 도쿄, 즉 아시아 연방의 수도에서 이전 사건이 발생한 지 20년이 지났다. 연방에 반기를 든 반란군 '가이라'는 수도 장악을 노리며 계속해서 게릴라식 공격을 감행하고 있다. 이러한 갈등 속에서 수상한 연쇄 살인 사건이 발생하고 있는데, 희생자들의 시체가 기이하게도 녹아 없어지거나 완전히 사라지는 현상이 벌어지며 시민들은 공포에 휩싸인다. 이 위기 속에서 연방 수도 공공안전 사령관은 아시아 연방 수도 특수 공공안전부대에 긴급 수사 명령을 하달하고, 새로운 잔혹 행위의 진상을 밝혀내기 위한 절박한 작전을 개시한다.