지가의 마유미 에마는 테이시티의 신임 시장인 시로가네 슈사쿠의 아내로, 남편에게조차 밝힐 수 없는 어두운 과거를 간직한 여자이다. 고귀한 기슈 가문의 후손으로서 그녀는 고대의 마스크 전사 혈통을 이어받았다. 젊은 시절, 그녀는 전설적인 '미소녀 마스크 산크투아리'로서 악을 물리치고 정의를 수호하며 도시를 지켜왔다. 그녀가 착용했던 마스크는 단순한 보호의 상징이 아니라 생명을 유지하기 위한 신성한 유물이기도 했다. 그러나 오랜 침묵 끝에 그녀는 다시 한 번 그 마스크를 써야 하는 상황에 놓이게 되는데, 그 이유는 무엇일까?
도시 전역에 퍼진 부패와 음모를 뿌리 뽑기 위해 슈사쿠는 '특정 유해 조직 통제법'이라는 새로운 정책을 시행하며 급성장하는 사이비 종교 단체 '도르가이아 교회'의 해체를 목표로 한다. 그러나 교회의 대주교 바로스는 겉으로는 모범적인 시민처럼 보이지만, 도시 엘리트들과 비밀리에 깊은 유대를 맺고 있다. 그의 지휘 아래 광신적인 추종자들이 음지에서 활동하며 대도시 전체를 장악하려는 악랄한 음모를 실행하고 있다.
어느 날 슈사쿠는 의심스러운 교통사고를 당하고, 마유미 에마는 폭력적인 공격을 받는다. 공격자들과 사투를 벌이며 그녀는 남편의 사고가 단순한 사건이 아닐지도 모른다는 의심을 품기 시작하며, 그 의혹은 점점 더 커져만 간다. 결국 그녀는 다시 마스크를 쓰기로 결심하고 진실의 배후에 있는 자들을 마주하기 위해 나선다. 그러나 그녀의 길은 도르가이아 교회의 본부 한가운데로 향하고 만다.
수도 없이 몰려드는 사이비 신도들을 격퇴하지만, 바로스가 피운 향의 냄새가 그녀의 감각을 압도하며 정신을 잃게 만든다. 붙잡힌 그녀는 옷을 벗겨지고, 꼼짝없이 밧줄에 단단히 묶인 채 강제로 마스크를 벗겨진다. 그 순간, 그녀는 자신이 착용해 온 마스크의 충격적인 진실과 기슈 가문의 숨겨진 유산을 알게 된다. 마스크 속에 담긴 신성한 힘이 사라진 지금, 그녀는 절망의 깊은 나락으로 떨어지고 만다… [나쁜 엔딩]