인류는 정체불명의 생명체 '엔보이'에 대항하기 위한 최후의 무기 '유세비온' 개발에 박차를 가하고 있었다. 이 무기의 파일럿으로 선택된 것은 전혀 감정을 드러내지 않는 침착한 소녀, 아사기리 케이다. 케이는 유세비온의 시험 비행을 반복했으나, 신경 동기화가 완전하지 않아 기체가 자주 제어를 상실하며 자신의 몸을 다치게 했다. 이런 고통 속에서, 기사키 지휘관의 따뜻한 관심이 케이의 마음속에 서서히 감정을 일깨웠다. 그러나 기사키 지휘관이 케이를 특별히 대하는 진짜 이유는 비밀 결사의 숨겨진 목적과 연결되어 있었다. 기사키는 유세비온과 엔보이가 융합해 전 지구적 정신 동기화를 일으키고, 모든 생명이 하나의 정신적 존재로 통합되는 인류의 미래를 믿고 있었다. 그런 계획을 알지 못한 채 케이는 계속해서 엔보이와 싸웠고, 결국 온몸이 촉수에 휘감기며 자신을 기다리는 운명으로 끌려가고 만다. 그리고 그녀의 정신 깊은 곳에서 각성의 순간이 다가온다—이야기의 종말이 시작되는 순간이다.