미소녀 전사 블루 로즈는 300년 후의 미래에서 온 소녀다. 타락한 미래를 바꾸기 위해, 초고속 컴퓨터의 지시에 따라 원래 죽음을 맞이할 운명이었던 쓰노다 케이이치를 구하기 위해 싸운다. 그녀의 행동은 아만다라는 여사제가 이끄는 전투원들과 몬스터 사냥꾼들과의 치명적인 전투로 이어진다. 케이이치의 탈출을 허용하는 대가로 블루 로즈는 포로가 되어 '심문'이라 불리는 뇌 장치에 걸리고, 전기 자극을 통해 그의 행방을 추출당한다. 이 장치는 그녀의 감각과 감정을 강제로 조작해, 블루 로즈를 원래의 자신과는 달리 비참한 존재로 만들고 만다. 그러나 예기치 못한 결말이 앞을 기다리고 있었고, 이는 이야기의 흐름을 극적으로 바꿔놓는 전환점이 된다.