악의 비밀 조직 자크 코퍼레이션을 무너뜨린 후, 버드 파이브의 구성원들은 각자의 길을 걷게 되며 전 세계 곳곳에서 평범한 삶을 살아간다. 그러나 3년 후, 사망한 것으로 알려졌던 자크 코퍼레이션의 지도자 헬가토가 다시 나타나 새로운 조직을 결성하고 옛 적들을 완전히 파괴하려는 계획을 실행에 옮긴다. 일본에 남아 있던 버드 레드는 자크 코퍼레이션과의 재대결을 결심하고 새로 훈련을 마친 동료 버드 블루와 함께 싸움에 나선다. 그러나 경험 부족한 블루는 등장한 새로운 악당 스파이더에게 납치당하고 만다. 책임감을 느낀 레드는 단독으로 구조 작전을 펼치지만, 오히려 자신이 인질로 잡히며 스파이더의 압도적인 힘에 제압당한다. 레드가 간신히 블루를 구해내지만, 블루는 이미 세뇌된 상태였고 스파이더의 강력한 독에 의해 서서히 신체가 분해되어 중태에 빠진다. 이를 목격한 레드는 오랫동안 억눌려왔던 분노를 폭발시킨 헬가토와 맞닥뜨리게 되고, 레드는 휘두른 칼에 베이며 고문을 당하고, 스파이더의 독은 그의 몸에도 퍼져 죽음의 문턱까지 내몰리게 된다.