2035년, 지구는 악의 조직 고라이다이류에 의해 지배되며 공포의 암흑 시대에 접어든다. 이 혼란 속에서 이가 류의 전설적인 닌자 혈통을 이어받은 소녀 아스카가 등장한다. 그녀는 에도 시대부터 고라이다이류에 맞서며 끊임없이 그들의 악랄한 음모를 저지해온 전사들의 마지막 후예이다. 어느 날 아스카는 고라이다이류의 암살자들에게 습격당하는 니시조 박사, 유명한 물리학자를 발견한다. 니시조 박사는 시간여행 기계를 성공적으로 개발했는데, 이 기술이 고라이다이류의 위협을 끝낼 열쇠가 될 것으로 여겨진다. 그의 사명을 믿게 된 아스카는 시간여행 기계의 실험 대상이 되기로 결심하고, 과거의 일본으로 30년을 거슬러 떠난다. 그러나 돌 마스터는 그녀의 움직임을 감지하고 악랄한 함정을 설치한다—과거를 조작해 자신의 어린 시절을 지배하려는 것이다. 아스카는 돌 마스터의 초기 전투 닌자 실험의 첫 번째 실험 대상이 되어 혹독한 고문과 모욕을 감내해야 한다. 이제 그녀는 지구의 운명을 결정할 결정적 전투의 기로에 서 있다. 아스카는 과연 돌 마스터를 물리치고 지구에 평화를 되찾을 수 있을까?