전쟁이 끝난 지 불과 10년 후, 옛 도쿄는 서서히 예전의 모습을 되찾아가고 있었다. 이 회복의 와중에 신비한 사건들이 연이어 발생하기 시작하는데, 바로 시로하 여자학원의 학생들이 하나둘씩 사라지고 있는 것이다. 사건을 조사하기 위해 사립 탐정인 도키사카 레이토는 전 동료이자 가까운 친구인 구스미 쿠스미를 도움을 요청한다. 어느 날, 후유키 후유크라는 여학생으로부터 이상한 의뢰가 도착한다. "저를 제 진정한 모습으로 되돌려주세요." 그 직후 또 한 명의 학생이 사라진다. 레이토는 진실을 밝히고 사건을 해결하기 위해 움직이기 시작한다.