마법과 과학이 융합된 이차원에서 '크림슨 쥬얼'이라 불리는 거대한 신비의 구슬이 발견된다. 그 마력은 막대하여, 발견자 쿠오가 위험성을 인지하고 정부에 보고하려 하지만, 쥬얼은 파괴되어 조각이 세계 곳곳에 흩어지고 만다. 책임감을 느낀 쿠오는 차원을 넘나들며 조각을 쫓아가지만, 모든 에너지를 소모한 끝에 정신을 잃고 쓰러진다. 그 순간, 평범한 여고생 우에무라 코노미가 쿠오의 도움 요청에 반응하여 나타난다. 쿠오를 지키던 코노미는 갑작스러운 촉수의 기습 공격에 휘말리는데…