스판덱서 문 엔젤 히토미는 오메가 행성 출신의 전사로, 히가타하카 아카데미의 교사로 일하며 지구의 평화를 수호할 중요한 임무를 띠고 있다. 어느 날, 주요 무기 제조업체의 로봇 설계가인 사토나카 박사는 인간의 지능을 모방할 수 있는 새로운 인공지능 소프트웨어를 완성하지만, 갑자기 구식 로봇 세크로스 69에게 공격을 당한다. 히토미는 간발의 차로 박사를 구조하고 사건을 조사하기 시작한다. 그러나 곧 범인이 사토나카 박사의 아들인 쇼타와 자신이 가르치는 학생들이라는 사실을 알게 된다. 비행 청소년 조직의 두목인 카네코 료지의 협박을 받아 그들은 로봇이 광폭화하도록 조작한 것이었다. 진실을 알게 된 히토미는 료지의 뺨을 강타하며 분노를 터뜨린다. 모욕을 당한 료지는 분노하여 사토나카 박사의 최신 인공지능을 세크로스 69에 설치, 비극적인 전개를 맞이하게 되는데—스판덱서를 지배 장치를 가진 기계로 납치하고 고문하는 세크로스 69의 복수극이 시작된다.