国际防卫军的特务谍报员滨崎弥生，为了调查突然出现人类消失现象的城市而展开行动。在调查途中，出现了诡异的士兵。察觉到危险的弥生变身为蓝色凯杰连者，逐一击败敌方战斗员。当她追查到敌人据点时，却遭遇了超强怪物亚刚。经过一场激烈战斗，她终于将其打倒，但亚刚临终前吐出的最后一个词——「能量」，令她内心产生极大不安。亚刚被打倒后，女性首领苏露随即现身。她将手放在亚刚尸体上，施展神秘仪式，使亚刚奇迹般复活。苏露的能力是自由操纵能量，凭借此力量，亚刚再度重返战场。蓝色凯杰连者虽奋力抵抗苏露压倒性的实力，但两人的对决已超越单纯战斗，预示著全新危机的来临。故事随即迈入更深刻且戏剧性的发展。