國際防衛軍的特務諜報員濱崎彌生，為了調查突然出現人類消失現象的城市而展開行動。在調查途中，出現了詭異的士兵。察覺到危險的彌生變身為藍色凱傑連者，逐一擊敗敵方戰鬥員。當她追查到敵人據點時，卻遭遇了超強怪物亞剛。經過一場激烈戰鬥，她終於將其打倒，但亞剛臨終前吐出的最後一個詞——「能量」，令她內心產生極大不安。亞剛被打倒後，女性首領蘇露隨即現身。她將手放在亞剛屍體上，施展神秘儀式，使亞剛奇蹟般復活。蘇露的能力是自由操縱能量，憑藉此力量，亞剛再度重返戰場。藍色凱傑連者雖奮力抵抗蘇露壓倒性的實力，但兩人的對決已超越單純戰鬥，預示著全新危機的來臨。故事隨即邁入更深刻且戲劇性的發展。