長達半世紀的邊境衝突終於接近尾聲。然而,漫長的戰爭已使國民身心俱疲,無數生命就此隕落。為了迎向新的和平,政府開發出名為「龍捲戰甲」的特殊動力服武器系統,任務是尋找行蹤成謎的莉莎·費茲傑拉德,並重新點燃人民的希望。經由電腦分析選定為最適任人選的美少女指揮官岡本真理亞,奉命投入戰場。化身為「美少女指揮官 Cyber Rosa 紅碧石」,她挺身前往戰地。就在那裡,她遇見一名流浪的年輕少女——然而,這名少女的真實本質,遠比想像中更加邪惡。當岡本真理亞陷入尼潔洛的陰謀之際,等待她的,是一場殘酷而毀滅性的命運……