사립 카츠라기 학원의 치어리더 팀장인 아이미는 평범한 여고생이 아니다. 실은 제우스 신으로부터 힘을 부여받아 '미소녀 전사 치어나이츠'의 일원인 치어 사파이어로서 악마 세력과 맞서 싸우고 있다. 그녀의 존재는 악마들에게 지배의 걸림돌로 여겨져 끊임없이 표적이 된다. 그러던 중 악마 세력과 손잡은 키리토라는 남성이 등장, 인간의 욕망을 이용해 사람들을 몬스터로 변이시키는 기술을 개발한다. 이로 인해 폭력적인 충동에 사로잡힌 변이 인간들이 나타나 치어 사파이어를 공격하기 시작한다. 일반 악마와는 달리 이 인간 괴물들은 신성한 힘에 면역을 지녔고, 무방비 상태로 노출된 치어 사파이어는 절박하게 저항하지만 고전을 면치 못한다. 그녀의 전투는 충격적이고 감정적으로 긴장감 넘치는 사건의 연속으로 펼쳐진다.