후지오케 그룹의 딸인 아이리 후지오케는 후지오케 산업이 개발한 파워드 슈트를 착용하고 오가시 시의 평화를 지키는 영웅 메탈우먼으로 활동한다. 어느 날 시장 납치 사건 소식을 접한 그녀는 정체불명의 테러리스트 가이스트와 맞서기로 결심한다. 치열한 전투 끝에 시장을 구조하는 데는 성공하지만, 범죄 조직은 도주하고 진짜 배후는 밝혀지지 않는다. 더욱이 가이스트가 메탈우먼의 파워드 슈트 방어막 시스템을 무력화할 수 있는 강력한 무기를 소지하고 있었음이 드러나며, 그 이면에 훨씬 거대한 세력이 있음을 직감한 메탈우먼은 경계를 늦추지 않는다. 한편, 오가시 시 장악을 비밀리에 꾀하는 무라이 의원은 가이스트와 결탁해 메탈우먼을 제거할 음모를 꾸미기 시작한다. 과연 아이리는 이 끔찍한 음모를 밝히고 저지할 수 있을까?