은하공화국군의 전사인 아니스 브라이트는 해방군과 협력해 독립 항성계 행성 마주를 침공한 반공화국 조이드 부대를 격파하며 승리를 거둔다. 그러나 공화국이 마주를 식민지화하려는 의도를 깨달은 아니스는 군을 탈영하고, 자유와 평화를 위해 조이드와 함께 싸우는 용병이 된다. 어느 날, 조이드와의 전투에서 중상을 입고 붙잡힌 아니스는 공화국군과의 거래를 통해 구출된다. 아군의 전직 지휘관 파이살이 마주로 돌아와 조이드의 공격으로 파괴된 개척 식민지를 되찾는 데 아군의 도움을 요청한다. 마주의 왕자 파르나스의 지원을 받아 아군은 조이드 군대의 비밀 기지에 잠입해 하나둘씩 적들을 제압한다. 그러나 파워드 수트의 에너지가 소진되면서 더 약한 나노수트 상태로 싸움을 계속해야만 한다. 전투력이 급격히 떨어진 아군은 조이드 부대를 지휘하는 브레인 조이드와 맞서게 되고, 이에 압도당한다. 방어력이 낮은 나노수트 차림으로 취약한 아군은 브레인 조이드의 끊임없는 공격에 죽음의 위기까지 내몰린다. 결국 아군은 승리하며 새로운 희망을 손에 넣는다. [해피 엔딩]